Suleiman qua nét vẽ của Nigari năm 1560.

Hai bà vợ của Suleiman I sinh hạ 8 người con trai, nhưng chỉ có bốn người còn sống qua thập niên 1550 là Mustafa, Selim, Bayezid, và Jihangir. Trong số họ, chỉ có Mustafa không phải là con Hürrem Sultan, nhưng lại là con của Gülbahar Sultan ("hoa hồng mùa xuân") và có ưu thế hơn các con trai của Hürrem Sultan trong khả năng được thừa kế. Hürrem lo sợ khi Mustafa lên ngôi sẽ giết các con mình. Mustafa còn được xem là hoàng tử tài ba nhất, và được Tể tướng Pargalı İbrahim Pasha ủng hộ. Đại sứ Đế quốc La Mã Thần thánh Busbecq ghi nhận:

Trong các con của Suleiman có cậu tên Mustafa, học rất giỏi, từ khi 24 - 25 tuổi thì có đủ khả năng trị nước; cầu mong Chúa không cho một tên Berber mạnh mẽ như thế lại gần chúng ta - sau đó Busbecq đề cập đến "thiên tư phi thường" của Mustafa.[82]

Hürrem ít khi tham gia vào việc chọn thái tử. Dù là vợ Suleiman, bà không ra mặt can dự công việc như Hoàng hậu Anne Boleyn của Anh Quốc đương thời.[83] Tuy nhiên, điều đó không ngăn cản Hürrem kiểm soát triều chính. Bởi đế quốc thiếu phương thức đúng đắn để chọn người kế vị, việc truyền ngôi thường gắn với cái chết của các hoàng tử tranh chấp ngôi báu nhằm tránh bạo loạn và bất ổn nội bộ. Vì thế, Hürrem lo sợ các con mình sẽ bị hành hình, và dùng cường quyền để loại trừ những người ủng hộ Mustafa.[65]

Thế là, trong cuộc tranh giành quyền lực dường như là chủ mưu của Hürrem,[75] Suleiman giết Ibrahim và phong con rể Hürrem là Rüstem Pasha làm Tể tướng. Năm 1552, khi Rüstem làm tổng chỉ huy trong chiến dịch phạt Ba Tư, âm mưu chống Mustafa bắt đầu. Rüstem sai một trong những cận thần của Suleiman báo cáo về triều đình, vì ông không thân chinh, rằng quân sĩ xem đây là thời điểm thích hợp để đưa hoàng tử Mustafa trẻ tuổi lên ngôi; đồng thời Rüstem tuyên truyền rằng Mustafa đã có ý đồ cướp ngôi. Khi nghe tin, Suleiman rất giận dữ vì tin rằng hoàng tử Mustafa muốn làm phản, và đến hè, khi quân Ottoman rút khỏi Ba Tư, ông triệu Mustafa đến lều ông tại thu lũng Ereğli[84] để cho ông "có thể xử lý tội phạm rồi về kinh đô mà không chút lo sợ".[85]

Mustafa phải đối mặt với một sự lựa chọn: hoặc là phải đến lều của vua cha và chịu chết; hoặc là sẽ bị kết tội mưu phản nếu từ chối đến trình diện. Cuối cùng, Mustafa chấp nhận đến lều của cha, vì tin rằng các binh sĩ ủng hộ sẽ bảo vệ mình. Busbecq, người đã nghe một người chứng kiến kể lại, đã miêu tả về phút cuối của Mustafa. Khi Mustafa đến lều của cha, các thái giám của Suleiman tấn công Mustafa, và vị hoàng tử trẻ đã chống trả ác liệt. Thấy vậy, Suleiman từ trong buồng hé mặt ra quan sát cuộc giao đấu và "chỉ huy quyết liệt, dữ dằn nhìn các thái giám và nghiêm khắc quở trách sự chần chừ của họ. Thấy vậy, các thái giám chấn chỉnh lại tinh thần, vật Mustafa xuống đất và, thả dây cung xung quanh cổ anh ta, thế là anh ta bị siết cổ chết".[86]

Vài tháng sau, Jihangir qua đời, nguyên nhân được cho là do thương tiếc người anh khác mẹ Mustafa.[87] Hai hoàng tử còn sống, Bayezid và Selim, đều là tổng trấn các tỉnh của đế quốc. Tuy nhiên, trong vòng vài năm hai anh em đánh lẫn nhau.[88] Với sự giúp đỡ của quân triều đình, Selim đánh bại Bayezid ở Konya năm 1559, khiến Bayezid cùng bốn người con sang Ba Tư lánh nạn. Suleiman cống cho vua Tahmasp I của Ba Tư một số lượng vàng lớn, đổi lại Tahmasp phải xử tử hoặc trao trả Bayezid. Cuối cùng, năm 1561 Tahmasp cho phép đao phủ Thổ thắt cổ Bayezid và 4 người con,[87] mở đường cho Selim lên ngôi 7 năm sau. Ngày 1 tháng 5 năm 1566, Suleiman rời kinh thành Constantinopolis mà thân chinh đánh Hungary.[89] Đến ngày 5/6 tháng 11 năm 1566,[90] ông đột ngột qua đời trước khi quân Ottoman thắng trận Szigetvár ở Hungary.[91]